UIViewとUIWindowとUIViewController

UIView

画面上の矩形領域を定義します。
その矩形領域内にコンテンツを表示する責務（コンテンツ表示）と、その領域内で発生したタッチイベントに応答する責務（イベント処理）を負っています。
1つ以上のサブビューを管理できます。

UIWindow

iPhoneアプリケーションは、通常、UIWindowクラスのインスタンスで表わされるウインドウを1つだけ持っています。
1つ以上のビューをそこに追加して表示します。その後は、このウインドウオブジェクトを再び参照することはほとんどありません。
UIWindowの親クラスはUIViewなので、通常はUIWindowオブジェクトのビュー関連プロパティを直接操作することはありません。

UIViewController

1つの画面のビューは、1つのView Controllerオブジェクトによって支えられています。
（View Controllerの仕事は、）ビューに表示するデータを管理することと、更新をアプリケーションのほかの部分と調整することです。
自身が管理する一連のビューを作成したり、メモリ不足状態のときにビューをメモリから削除する責務を負っています。

参考PDF：
iPhone OS View Controller プログラミングガイド
iPhone アプリケーションプログラミングガイド