UIWindowの作成

ウインドウの最初のフレームサイズは、必ず画面全体を覆うように設定するべきです。
プログラミングによってウインドウを作成する場合は、作成時に望みのフレーム矩形を明示的に渡渡さなければなりません。画面の矩形と異なる矩形は渡さないでください。画面の矩形は、UIScreenオブジェクトから次のようにして取得できます。

UIWindow* aWindow = [[[UIWindow alloc] initWithFrame:[[UIScreen mainScreen]bounds]] autorelease];

参考PDF：
iPhone OS View Controller プログラミングガイド
iPhone アプリケーションプログラミングガイド